مرز قرقیزستان و تاجیکستان در شرایط سخت جغرافیایی، از جمله رشته کوه ها، دره ها، و همچنین دو نقطه مرزی سه گانه با ازبکستان - در دره فرغانه - و با چین - در امتداد رشته کوه زالایی قرار دارد. طول این مرز ۹۸۴ کیلومتر است که به خاطر اختلافات، بیشتر این مرز علامت گذاری نشده بود و ۲ کشور سالیان طولانی با تنش و درگیرهای مرزی مواجه بودند.